يسعى قسم الدراسات الإسلامية بكلية العلوم والدراسات الإنسانية بالأفلاج لتحقيق رؤيته ورسالته المنبثقة من رسالة الجامعة ورسالة الكلية والتي تهدف إلى إعداد وتأهيل خريجات متميزات في مجال الدراسات الإسلامية، من خلال بيئة عالية الجودة ومناهج حديثة تخدم المجتمع وتعزز الانتماء للإسلام.
وعليه فإن القسم يعزز كثيرا من الجوانب الشرعية التي كانت ولا تزال أحد مقومات المملكة العربية السعودية، كالدعوة إلى الله ونبذ الغلو وترسيخ تحكيم الشريعة الإسلامية.